在境外投资备案的流程中，哪个部门最耗时并没有一个固定的答案，因为这取决于多种因素，包括项目的复杂性、申报材料的准备情况、各部门的审核进度等。不过，从一般经验来看，发改委和商务部的审核环节相对较为耗时。

1.发改委：

职责：负责境外投资项目的立项和核准或备案工作。

耗时原因：发改委需要对项目的可行性、合规性等进行全面审查，包括项目是否符合国家法律法规、产业政策、经济和社会可持续发展要求等。这一过程可能需要较长时间来收集和分析相关信息，以确保项目的合规性和可行性。

2.商务部：

职责：负责境外投资项目的审批发证工作，发放《企业境外投资证书》。

耗时原因：商务部主要对企业的境外投资行为进行管理和监督，包括企业资质、投资结构、投资经营范围、投资目的地等方面的审核。商务部需要仔细审查申请材料，以确保企业具备境外投资的资格和能力，并符合国家的对外投资政策。这一过程同样需要一定时间来完成。

此外，外汇管理局的备案环节虽然相对简单，但也需要一定的时间来审核企业的外汇登记申请和资金来源证明等材料。然而，与发改委和商务部相比，外汇管理局的审核时间通常较短。

需要注意的是，不同地区的办理流程和时间可能会有所差异，具体时间还需根据实际情况确定。因此，企业在办理境外投资备案时，应提前了解当地的相关规定和流程，并准备好所有必要的材料，以缩短办理时间并提高备案成功率。同时，企业也可以考虑寻求专业代理机构的帮助，以提高办理效率和成功率。