日本公司的专利申请流程大致如下：

1. 前期准备：

   - 确定需要申请专利的技术或创新点。

   - 进行专利检索，以确保所申请的技术或创新点是新颖的，并评估其是否有潜在的可专利性。

   - 准备专利申请所需的文档，包括专利说明书、权利要求书、摘要、图纸等。

2. 选择专利代理人：

   - 专利申请通常需要通过专业的专利代理人来完成，因为他们熟悉专利法律和申请流程。

   - 选择一家信誉良好、经验丰富的专利代理机构，并与其签订委托协议。

3. 提交申请：

   - 准备完毕后，通过专利代理人向日本特许厅（Japan Patent Office, JPO）提交专利申请。

   - 提交申请时，需要提供一系列文件，包括专利申请表格、说明书、权利要求书、摘要、图纸等，以及缴纳相关费用。

4. 审查阶段：

   - 日本特许厅会对提交的专利申请进行形式审查和实质审查。

   - 形式审查主要检查申请文件是否符合规定的格式和完整性要求。

   - 实质审查则评估发明的新颖性、创造性和实用性。

5. 回复审查意见：

   - 如果审查员在审查过程中提出了审查意见，申请人或其专利代理人需要对这些意见进行回复，可能需要提供进一步的证据或修改申请文件。

6. 公开准备：

   - 在专利申请被批准后，日本特许厅会将其公开，以便公众可以查阅。

7. 授权与维持：

   - 一旦专利申请通过审查并且没有 further objections，日本特许厅将颁发专利证书，专利权将正式授予。

   - 申请人需要按时缴纳维持费用以保持专利有效。

请注意，以上是日本公司专利申请的一般流程，具体的步骤和要求可能会根据不同的专利类型（如发明专利、实用新型专利、设计专利）而有所不同。建议在申请专利前，咨询专业的专利代理人或律师，以确保申请过程顺利进行。