在巴西注册公司需要缴纳的税种主要有以下几种：

1. 公司所得税：巴西的公司所得税率为15%，但根据公司的利润规模和类型，税率可能会有所不同。

2. 联邦税：包括所得税、工业产品税、进口税、出口税、金融操作税、临时金融流通税、农村土地税等。

3. 州政府税：包括商品流通服务税、车辆税、遗产及馈赠税等。

4. 市政府税：包括社会服务税、城市房地产税、不动产转让税等。

5. 其他税费：除此之外，还有各种社会性费用，包括社会保险金、工龄保障基金、社会一体化计划费、社会安全费等。

需要注意的是，巴西的税收制度较为复杂，公司在注册过程中需要仔细了解并遵守相关规定，以避免不必要的麻烦。此外，在巴西开展业务还需要获得税务居民身份，并按时缴纳税款。