在日本注册公司后，需要进行一系列的后续步骤来确保公司的合法运营和遵守日本的商业法规。以下是注册日本公司后需要做的一些主要事项：

1. 登记备案：

   - 公司注册完成后，需要向日本法务局领取公司注册事项证明。

   - 根据公司的经营范围，可能还需要向地方的事业税继承部门和消费税部门进行登记。

2. 税务相关：

   - 了解并遵守日本的税务法规，包括所得税、法人税、消费税等。

   - 办理税务登记，并按时提交税务申报。

3. 社会保险：

   - 为员工办理社会保险，如健康保险、养老保险等。

4. 劳动相关：

   - 制定并遵守劳动法规，包括劳动合同、劳动时间、加班费等。

   - 向地方劳动局办理劳动保险和公积金登记。

5. 商业登记：

   - 根据公司类型和经营范围，可能还需要在商业登记簿上进行登记。

6. 银行账户：

   - 开设公司银行账户，用于处理公司的财务事务。

7. 公司章程和挂名董事：

   - 如果公司有挂名董事，需要准备相关的挂名董事文件。

   - 公司章程做好之后，需要到公证处公证。

8. 招股书和注册资本：

   - 如果公司类型是股份公司，需要准备招股书，并确保注册资本符合要求。

9. 会计和审计：

   - 建立会计系统，按照日本会计准则记录和报告财务信息。

   - 对于某些类型的公司，可能还需要定期进行审计。

10. 年检和报告：

    - 按时进行公司年检，并提交必要的报告。

以上是日本公司注册后需要做的一些主要事项。具体的要求可能会根据公司的类型和经营范围有所不同，建议咨询专业的律师或会计师，以确保遵守所有的法律和规定。