日本公司注册代办的费用因代办机构的规模、服务内容和地区差异等因素而有所不同，因此并没有一个固定的标准。

一般而言，日本的代理机构会提供从公司注册到后续的税务、会计等一系列的服务，一年的费用大概在几万日元到几十万日元不等。具体的费用还是需要咨询各个代理机构。

需要注意的是，除了代理费用之外，日本公司还需要支付其他的费用，例如注册资本的验资费用、公司印章的制作费用、注册地址的费用等。

因此，如果需要了解具体的费用，建议直接咨询，获取详细的费用信息。