在日本注册公司时，很多申请人会选择通过代办机构来完成注册流程，这样做可以节省时间，减少繁琐的程序和语言障碍。选择代办机构时，需要注意以下几点：

1. 选择有经验的代办机构：选择有多年经验的代办机构可以确保注册流程的顺利进行。有经验的代办机构熟悉注册流程和相关规定，能够提供专业的建议和解决方案。

2. 确认代办机构的信誉和资质：在选择代办机构之前，应进行充分的调查，确认代办机构的信誉和资质。可以通过网络搜索、咨询其他客户或向行业内的朋友了解代办机构的口碑和服务质量。

3. 明确服务内容和费用：在签约之前，应详细了解代办机构提供的服务内容，包括注册过程中的各项服务，以及可能产生的额外费用。确保服务内容和费用都在您的预算范围内。

4. 查看代办机构的合同和协议：在签约之前，请仔细阅读代办机构提供的合同和协议，确保您了解并同意其中的条款。如有疑问，可咨询法律专业人士。

5. 确保代办机构提供后续支持：注册完成后，公司可能需要进行各种后续操作，如开设银行账户、税务登记等。选择提供后续支持的代办机构可以确保公司在运营初期能够顺利开展业务。

总之，选择代办机构时要慎重，确保选择有经验、信誉良好、服务内容明确、费用合理的代办机构。这样可以帮助您顺利完成日本公司的注册，并减少后续的麻烦。