日本公司代理记账的费用因服务内容和复杂程度而异，具体费用需要根据实际情况而定。一般来说，日本公司代理记账的费用包括以下几个方面：

1. 咨询服务费：根据客户提出的要求和需求进行收取，通常为数万到数十万日元不等。

2. 财务报表制作费：根据公司的业务规模和复杂程度，费用会有所不同，一般约为数十万日元。

3. 税务申报服务费：根据公司的税务种类和申报频率，费用会有所不同，一般约为数十万日元。

4. 其他附加服务费：如公司年检、财务分析、成本控制等，费用会根据具体服务内容而有所不同，一般约为数十万日元。

需要注意的是，选择代理记账机构时需要谨慎选择，以确保安全、高效的记账服务。一些机构可能会有不同的收费标准，因此在选择之前需要进行广泛地咨询和比较，以选出最合适的方案和代账机构。此外，还需要注意保护个人隐私和安全，不要随意将个人身份信息、财务信息等泄露给陌生人或未经授权的第三方。