日本公司代理记账的费用因公司规模、财务复杂性、服务范围等因素而异，因此不能一概而论。但是，根据一些公开的信息和行业报告，代理记账的费用通常包括固定的月费和根据服务内容额外收取的费用。

对于小型企业或个体工商户，代理记账的费用可能相对较低，每月可能在数万日元到数十万日元之间。而对于中型或大型企业，由于涉及的财务事务更为复杂，可能需要的记账时间和服务费用也会更高，每月可能需要数十万日元甚至更多。

此外，一些代理记账公司可能会提供定制化的服务包，包括基本的记账和报税服务，以及额外的服务如财务咨询、税务规划等，这些可能会增加费用。

总的来说，日本公司代理记账的费用可能相对较高，但这是企业为了确保财务合规和有效管理所必需的。如果你打算选择代理记账服务，建议你咨询几家代理记账公司，了解他们提供的服务内容以及相应的费用，并进行比较。这将帮助你找到最适合你公司需求的解决方案。