在日本注册商标，需要支付的主要费用包括申请费、审查费和授权费。此外，如果需要聘请商标代理机构，还需要支付相应的代理费用。以下是日本商标注册相关费用的概述：

1. 申请费：申请费是在提交商标注册申请时需要支付的费用。根据商标的类型（如文字、图形、颜色组合等）和所属的商品或服务类别，申请费会有所不同。

2. 审查费：商标注册申请提交后，日本特许厅会对商标进行审查，以确保其符合注册条件。审查费通常是在审查阶段结束后支付，如果申请被拒绝，审查费不予退还。

3. 授权费：如果商标注册申请通过审查，并被授予专利权，申请人需要支付授权费。授权费通常包括登记费和首三年的年费。

4. 年费：商标授权后，为了维持商标权的有效，申请人需要在每年的同一日期支付年费。年费的金额取决于商标的权利要求数量。

除了上述直接费用外，如果申请人选择聘请商标代理机构来办理注册事宜，还需要支付代理机构的服务费用。这个费用通常会高于官方费用，具体数额取决于代理机构的收费标准和服务内容。

需要注意的是，商标注册费用和流程可能会随时间变化，因此在申请注册时，应以日本特许厅或官方发布的最新信息为准。同时，建议咨询专业的商标代理机构，以确保申请过程的顺利进行。