日本商品条形码的申请流程如下：

1. 准备相关资料：包括公司基本信息、产品类别、货品名称、目录信息等。此外，需要提供日本公司的注册信息、实际操作材料、日本公司联系方式、日本公司股东的身份证明文件（如身份证、户口本）、护照等。

2. 申请加入日本货品编码协会：该协会是国际货品编码协会的日本代表机构，也是指定机构授权分配EAN国际编码（在港亦称E-ID），用以识别产品、货运及位置，并可以条形码形式代表。

3. 提交申请：填写表格信息并支付申请费用（申请费用有3年期和1年期两种）。在收到费用并且填写信息无误的情况，大约会在7个营业日左右收到带有GS1事业者编号的登录通知书。

4. 生成13位标准商品条码：GS1事业者编号（前面9位数）+商品编号（中间3为主）+核对数字（最后1位数）。核对数字的1位数会根据前面的12位数，通过一系列复杂的计算公式得到，可以利用计算工具输入前面12位数计算取得。

5. 申请完成：一旦生成了13位条形码，就可以利用网上简单的条码生成工具，生成13位的图形条码。

日本商品条形码的申请时间一般为25~30个工作日，通过审批后即可使用。此外，商品条形码的有效期一般为3年，到期后需要重新申请。

以上内容仅供参考，不同申请流程可能有所差异，建议咨询。