在日本注销公司，需要支付的费用主要包括法院费用、破产管理人费用、以及可能的拍卖费用。具体费用根据公司规模、债务情况以及破产程序的复杂程度有所不同。

1. 法院费用：破产申请费用和后续处理费用由法院收取。这些费用可能会根据破产案件的性质和复杂度而变化。

2. 破产管理人费用：破产管理人是负责管理破产财产、处理债权债务关系的人。他们的费用通常是从破产财产中支付的，因此也构成了破产费用的一部分。

3. 拍卖费用：如果公司资产需要通过拍卖来变现以清偿债务，那么拍卖费用也是必须支付的。

具体的金额在申请破产时可以通过咨询破产管理人或者法院来了解。由于涉及金额可能会随着案件的不同而有较大差异，建议在实际操作前详细咨询相关机构或专业律师，以获取最准确的信息。

值得注意的是，日本对于破产案件的处理非常严谨，整个程序需要严格遵循法律规定，并且在破产管理人和法院的监督下进行。因此，在日本注销公司是一个复杂且需要专业指导的过程。