日本公司公证认证的时间取决于多个因素，包括所需文件的准备情况、公证人和认证机构的的工作效率、以及是否加急处理等。以下是一般的时间线：

1. 文件准备：通常，您需要准备日本公司的注册证书、董事股东名册、以及可能需要的其他文件。这个过程可能需要几天时间来收集和准备这些文件。

2. 日本公证：将文件提交给日本的公证人进行公证。公证人会对文件进行核实并加盖公证章。这个过程可能需要几天到一周的时间。

3. 外务省认证：完成公证后，将公证文件提交给日本的外务省进行认证。外务省会对公证文件进行审核，并在文件上盖章。这个过程可能需要一周到两周的时间。

4. 中国驻日本使馆认证：接下来，将经过外务省认证的公证文件提交给中国驻日本使馆进行认证。使馆会对文件进行审核，并在文件上盖章。这个过程可能需要一周到两周的时间。

综上所述，整个公证认证过程大约需要28个工作日左右。如果选择加急服务，时间可以缩短。例如，一些专业机构可能提供加急服务，将整个流程缩短至20个工作日左右。需要注意的是，这些时间是大致估计，实际所需时间可能会因具体情况而异。