在日本，公司商标的公证是一个法律程序，用于确认商标的注册事实和所有权。这个过程通常涉及到以下几个步骤：

1. 准备商标公证所需文件：

   - 商标注册证书：这是商标已经在日本专利局（JPO）注册的官方证明。

   - 商标注册申请时的所有文件：包括商标的详细信息、分类、使用证明等。

   - 公司法人身份证明：通常是护照复印件和在日本的居住证明。

2. 寻找公证人：

   - 联系日本的公证人（公证所），提交准备好的商标文件。

   - 公证人会对文件进行审核，确保其真实性和合法性，然后在文件上加盖公证章。

3. 商标公证：

   - 公证人会在商标注册证书和其他相关文件上添加公证声明，证明这些文件的真实性。

4. 国际认证（如果需要）：

   - 如果商标公证后的文件需要在中国或其他要求的国家使用，可能需要进行国际认证。

   - 国际认证通常涉及到将公证后的文件提交给日本外务省进行认证，然后提交给中国驻日本使馆进行认证。

5. 支付费用：

   - 商标公证费用根据公证人和认证机构的收费标准而定。

   - 加急服务可能需要额外支付费用。

6. 领取公证文件：

   - 完成公证和认证过程后，您可以领取经公证和认证的商标文件。

请注意，商标公证的具体步骤和所需文件可能会有所变化，所以在办理之前咨询专业的法律顾问或公证机构。此外，随着国际条约和协定的变化，商标公证和认证的要求也可能发生变化，所以获取最新的信息。