深圳境外投资备案的流程主要涉及以下几个步骤：

1. 登录备案系统：企业首先需要登录国家发改委的“政务服务中心”中的“境外投资项目备案管理网络系统”进行用户注册和登录。

2. 用户注册：中央企业的用户注册申请由国家发改委受理，而地方企业的用户注册申请则由省发改部门受理。

3. 提交项目备案资料：企业在获得用户名和密码后，登录备案系统，填写境外投资项目备案表，并按要求上传相关附件。纸质备案材料需要另行报送。

4. 机关受理及审查：备案系统会根据项目及企业信息自动分送至相应的国家发改委或省级发改部门进行受理和审查。

5. 审查结果告知：对于填报材料不合格的情况，发改部门会及时反馈要求补充或修正；对于通过审核的项目，发改部门会出具纸质《项目备案通知书》。

6. 商务部备案：除了发改部门的备案外，企业还需要通过商务部业务系统统一平台和深圳市行政审批服务综合管理系统提交相关申请材料，进行商务部的备案。

7. 无纸化管理：深圳市商务局已全面实施境外投资备案（核准）无纸化管理，企业可以通过相关系统进行申请和资料提交。

8. 窗口办理：如果需要现场办理，申请人可以到区行政服务大厅综合窗口进行申报和咨询。

请注意，以上流程可能会根据最新的政策和规定有所变动，企业在办理时应以最新的官方指南和要求为准。同时，对于涉及敏感国家和地区、敏感行业的投资项目，企业还需要遵循更为严格的审核和备案程序。

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