公司进行公证的主要目的是为了规范公司行为，保护投资者和公司的利益，避免可能的民事纠纷，以及确保公司活动的合法性和真实性。

印度尼西亚公司公证认证需要的材料包括：

1.原始文件：这是办理公证认证的基本文件，需要确保其完整性和准确性。

2.认证申请表：填写完整的认证申请表，包括申请人的基本信息、公证目的及文件基本情况等。

3.公司注册证书：证明公司合法注册的文件。

法人身份证明：用于证明公司法定代表人的身份。

4.申请人护照扫描件或原件：作为申请人的身份证明。

5.其他相关材料：根据具体认证需求，可能还需提供与公司相关的其他证明文件或资料。