马来西亚商标注册的流程包括商标查询、提交申请、审查（形式审查和实质审查）、公告与异议、领取证书等步骤。以下是具体的流程和时间估算：

一、商标查询

在提交商标注册申请之前，首先需要进行商标检索，以确定所申请商标是否与已有商标一致或近似，以避免冲突。商标查询可以通过马来西亚知识产权局（MyIPO）的在线数据库进行，通常需要3个工作日。

二、提交申请

将准备好的申请资料提交至马来西亚知识产权局（MyIPO），并缴纳申请费用。申请资料包括申请人名称及地址、申请人资格主体证明文件复印件、申请商品服务项目、商标清晰图样、委托书等。提交申请后，MyIPO会进行形式审查，确保申请文件齐全且符合要求。形式审查的时间通常在14个月左右（也有说法为12周），具体时间取决于MyIPO的受理速度和申请人的准备情况。

三、审查

审查分为形式审查和实质审查两个阶段：

形式审查：MyIPO将对提交的申请进行形式审查，以确保申请资料齐全、符合要求。如果申请不符合要求，MyIPO将发出通知书，要求申请人在指定时间内进行回复或修正。

实质审查：形式审查通过后，MyIPO将对商标进行实质审查，以确定商标是否具有可注册性。审查员会对申请注册商标与已有商标进行比对，看是否存在相同或近似的情况，以及是否符合商标注册的要求。实质审查的时间也会因申请商标的复杂性和MyIPO的工作负荷而有所不同，一般需要612个月（也有说法为4个月或812个月）。如果商标申请不符合规定或与已有商标相同或近似，则可能会被驳回。申请人在接到驳回通知之日起限期内可提交复审，否则该申请将被视为放弃。

四、公告与异议

如果商标通过实质审查，MyIPO会在官方期刊上公告该商标。公告期通常为2~3个月（也有说法为3个月），在此期间，任何第三方都可以对商标提出异议。若收到异议，申请人需要在规定的时间内进行答辩。

五、领取证书

如果在公告期内没有异议，或者异议被成功解决，MyIPO将核准商标注册，并颁发商标注册证书。整个注册过程（从提交申请到注册完成）如果一切顺利，大约需要12至18个月的时间。然而，这个时间可能会因为各种因素（如审查过程中的异议、驳回或补正等）而延长，有时甚至可能达到10至24个月。

另外，如果申请人希望加快商标注册流程，可以选择申请加急审查。在不遇到异议或驳回的情况下，最快6个月可以完成注册，但加急审查通常需要额外支付费用。