在日本，公司申报纳税是一个相对复杂的过程，涉及到多种税种和详细的财务报告。以下是日本公司申报纳税的基本步骤和注意事项：

1. 了解税务要求：

   - 公司需要了解日本税务机关的要求，包括各种税种的申报期限、报税表格和所需的信息。

2. 准备财务报表：

   - 公司需要准备完整的财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表。这些报表必须符合日本会计准则，并准确反映公司的财务状况。

3. 计算税款：

   - 根据财务报表，公司需要计算应缴纳的各种税款，包括法人税、消费税、地方税等。

4. 填写报税表格：

   - 公司需要填写相应的报税表格，这些表格通常可以在日本国税局或地方税务局网站上找到。

5. 提交税务申报：

   - 公司需要在规定的期限内提交税务申报表格。通常，最终申报表需要在会计年度结束后的两个月内提交。

6. 支付税款：

   - 在提交税务申报的同时，公司需要支付计算出的税款。如果税款支付延迟，可能会面临罚款和滞纳金。

7. 税务审计：

   - 日本税务机关可能会对某些公司进行税务审计，以确保公司提交的税务申报表和实际的财务状况相符。

8. 记录保留：

   - 公司需要保留与税务申报相关的所有记录和文件，以备未来审计或查询之用。

9. 咨询专业人士：

   - 对于复杂的税务问题，公司可以咨询专业的会计师或税务顾问，以确保遵守税法规定，并有效地减少税负。

10. 遵守税法变化：

    - 日本税法可能会发生变化，公司需要及时了解最新的税法规定，并相应调整税务申报和纳税策略。

总之，日本公司申报纳税是一个需要严格遵守法规和细致操作的过程。通过准确计算税款、及时提交申报表格并支付税款，公司可以确保自己的合法经营，避免不必要的罚款和法律风险。