日本公司的公证认证流程，主要涉及在日本当地进行公证，以及后续的国际认证，以便相关文件在中国或其他要求的国家和地区使用。以下是详细的流程：

1. 准备相关文件：

   - 公司注册证书

   - 股东董事名册

   - 公司法人护照扫描件

   - 其他可能要求的文件，根据各地工商局要求提供办理文件

2. 日本当地公证：

   - 请日本当地的国际公证律师对上述文件进行公证。公证人会对文件进行核实，并加盖公证章，以确保文件的真实性和合法性。

3. 日本外务省认证：

   - 完成公证后，将公证文件提交给日本的外务省进行认证。外务省会对公证文件进行审核，并在文件上盖章，以证明其真实性和合法性。

4. 中国驻日本使馆认证：

   - 接下来，将经过外务省认证的公证文件提交给中国驻日本使馆进行认证。使馆会对文件进行审核，并在文件上盖章，以证明其真实性和合法性。

5. 等待认证结果：

   - 完成上述步骤后，需要等待认证结果。一般来说，公证认证所需时间为28个工作日左右。如果您有紧急需求，可以选择加急服务，时间将缩短至20个工作日左右。

需要注意的是，中国已于2023年3月正式加入《取消外国公文书认证要求的公约》。根据该公约，成员国之间的文书流转只需办理海牙认证（apostille）即可。因此，在未来，如果《公约》在中国生效实施，您可能只需要办理海牙认证即可。