公司纳税申报的办理流程如下：

1. 确定申报时间：根据税法规定，企业应于每月、每季度、年度结束后，次月十五日内向主管税务机关报送财务会计报表和纳税申报表。因此，公司需要确定具体的申报时间。

2. 准备申报材料：根据不同的税种，需要准备的材料也不同。常见的申报材料包括财务报表、纳税申报表、发票、合同等。

3. 填写申报表格：根据具体的税种和申报要求，填写相应的申报表格。需要注意的是，表格填写必须准确、完整。

4. 提交申报材料：将填好的申报表格和相关材料提交给主管税务机关。

5. 缴纳税款：根据税务机关的要求，按时缴纳应缴纳的税款。

在办理纳税申报时，需要注意以下几点：

1. 遵守申报时间：企业必须在规定的申报时间内完成申报，否则可能会产生滞纳金等费用。

2. 准确填写申报表格：申报表格填写必须准确、完整，否则可能会影响税务机关的审核和判断。

3. 及时缴纳税款：企业必须按照税务机关的要求，及时缴纳应缴纳的税款，否则可能会产生滞纳金等费用。

公司纳税申报需要认真准备、准确填写、及时缴纳，以避免不必要的麻烦和损失。