印尼公司股权变更的流程可能因具体情况和地区而异，但以下是一般的主要步骤：

1. 股东资金转入：股东将资金转入印尼公司的账户。

2. 代扣代缴税费：印尼公司会代扣代缴相关的税费。

3. 转交资金给新股东：已代扣税费的资金会被转交给新的股东。

4. 做公司章程变更：进行相应的公司章程变更，以反映股权结构的变化。

5. 交易文件签署：根据印尼法律要求，股权转让交易各方需要签署一系列交易文件，包括股转协议（Conditional Share Purchase Agreement）、股东协议（如适用）以及转让契约（Deed of Transfer）。在实践中，交易方多采用签署公证契约形式的股份购买协议（Notary Deed of Share Purchase Agreement）来达成上述法律要求。

6. 符合相关法规：如果股权变更导致大股东变更，可能被视为公司业务已经转让，并需要符合《公司法》的相关规定。对于上市公司，还需符合《关于上市公司收购的金融服务管理局第9/POJK.04/2018号条例》的规定。

7. 更新公司信息：确保在公司的官方记录、信纸抬头、印章和其他相关文件中更新股权结构和相关信息。

请注意，以上流程可能涉及复杂的法律程序和文件要求，因此在进行股权变更前，强烈建议咨询当地的律师或专业机构以确保所有步骤都符合印尼的法律要求。