日本公司申请专利的费用包括以下几个方面：

1. 申请费：这是提交专利申请时需要支付的基本费用。费用金额取决于申请的专利类型（例如，发明专利、实用新型专利或设计专利）和申请人的类型（例如，个人、小型企业或大型企业）。

2. 审查费：在专利申请提交后，日本特许厅会对申请进行审查。如果申请通过了形式审查，将进入实质审查阶段。在实质审查阶段，审查员可能会就申请文件提出意见，申请人可能需要支付额外的费用来响应这些意见。

3. 授权费：一旦专利申请被批准，申请人需要支付授权费。此外，如果申请人在申请时要求提前公开其发明，还需要支付提前公开费。

4. 维持费：一旦专利被授权，申请人需要定期支付维持费以保持专利有效。维持费的金额取决于专利的类型和申请人的类型。

具体的费用金额可能会根据日本特许厅的规定和汇率变动而有所变化。因此，建议在申请专利前，咨询专业的专利代理人或律师，以及日本特许厅的官 方网站，以获取Zui新的费用信息和支付指南。