日本公司的税务流程如下：

1. 确定纳税主体：日本公司需要确定在中国境内纳税的主体，通常是公司总部或者在中国境内设立的分支机构。如果公司总部在中国境内，则需要缴纳企业所得税和个人所得税；如果分支机构在中国境内，则需要缴纳企业所得税和个人所得税。

2. 申报纳税：日本公司需要向中国税务机关申报其在中国境内发生的各种所得，包括工资、奖金、股息、利息、租金等。税务机关会根据申报情况，对所得进行分类，并确定应纳税额。

3. 缴纳税款：日本公司需要根据申报情况，计算出应缴纳的税款，然后向税务机关缴纳。税款的缴纳方式可能因情况而异，有些公司可能需要通过电子支付等方式缴纳税款。

4. 领取税务凭证：日本公司缴纳税款后，将获得税务机关开具的税收凭证。这些凭证可以帮助日本公司在中国境内进行税务记录和查询，并有利于在中国境内开展业务时享受税收优惠。

此外，日本公司还需要注意一些特殊情况下的税务处理，如期中申报、年审等。期中申报是指在会计年度超过6个月后，需要在后2个月内提交前6月的税务申报表，并缴纳相应税金。年审则是在财务年度结束后2个月内，依据股东大会展示的财务报告为基础，进行税务申报并缴纳相应税金。

如果日本公司因特殊事件而无法按时申报税务（如审计工作未结束而无法形成财务报告，或其他不可抗力因素），可向日本税务署申请延期报税，当税务署署长同意后，日本公司报税时间才能延后。

需要注意的是，无论日本公司的税务申报工作是否获得延期批准，该公司缴纳税金的时限也不能延长。如果依据公司财报计算出的应缴纳税款中，已经包含了期中税款，则可以进行抵扣。

另外，日本公司在中国境内开展业务时还需要遵守中国的税收政策法规，包括增值税、消费税、企业所得税等方面的规定。如有疑问或需要帮助，建议咨询专业的税务顾问或中国税务部门。