如果内资公司已经完成注销程序，但后来发现注销不当或者需要撤销注销，可以通过以下步骤进行：

1. 查明原因：首先要查明公司注销不当的原因，比如可能是由于债权人的异议、注销过程中存在违法行为、或者公司仍有未清偿的债务等。

2. 提出申请：公司或者利害关系人可以根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国企业法人登记管理条例》等法律法规的规定，向原公司登记机关提出撤销注销登记的申请。

3. 提供证据：在申请中需要提供相关证据，证明注销登记存在违法行为或者注销不当。

4. 审核决定：登记机关接到申请后，会对提供的证据进行审核。如果审核通过，登记机关将撤销公司的注销登记。

5. 恢复登记：注销登记被撤销后，公司的法人资格将得到恢复。公司需要重新进行法人登记，并补办清算结束的相关手续。

6. 后续处理：公司恢复法人资格后，需要继续完成未完成的清算工作，清偿债务，分配剩余财产。

请注意，撤销注销是一个复杂的法律程序，可能需要专业的法律人士协助。在实际操作中，应根据具体情况和当地工商行政管理部门的要求进行。如果公司注销过程中存在违法行为，可能还会涉及到法律责任的追究。因此，在办理撤销注销之前，咨询了解相关法律法规和程序。