日本公司的报税流程及费用涉及多个方面，具体如下：

1. 报税流程：

   - 记账：公司需要记录所有的财务交易，包括收入、支出、资产和负债。这些记录通常在会计软件中进行，以确保所有的交易都被妥善保存和分类。

   - 财务报表准备：根据记账情况，公司需要准备财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表。这些报表必须符合日本会计准则，并准确反映公司的财务状况。

   - 计算税款：根据财务报表，公司需要计算应缴纳的各种税款，包括法人税、消费税、地方税等。

   - 填写报税表格：公司需要填写相应的报税表格，这些表格通常可以在日本国税局或地方税务局网站上找到。

   - 提交税务申报：公司需要在规定的期限内提交税务申报表格。通常，最终申报表需要在会计年度结束后的两个月内提交。

   - 支付税款：在提交税务申报的同时，公司需要支付计算出的税款。如果税款支付延迟，可能会面临罚款和滞纳金。

   - 税务审计：日本税务机关可能会对某些公司进行税务审计，以确保公司提交的税务申报表和实际的财务状况相符。

   - 记录保留：公司需要保留与税务申报相关的所有记录和文件，以备未来审计或查询之用。

2. 报税费用：

   - 会计师费用：如果公司聘请会计师或会计公司来处理报税事宜，将需要支付相应的服务费用。费用通常根据公司的收入和财务复杂性来确定。

   - 软件费用：如果公司使用会计软件来记录财务交易和准备财务报表，可能需要支付软件购买或租赁费用。

   - 税务审计费用：如果公司面临税务审计，可能需要支付审计师的费用。

   - 其他费用：可能还会有其他一些费用，如印花税、邮寄费等。

需要注意的是，具体的报税流程和费用可能会因公司的具体情况和日本税法的变化而有所不同。因此，公司在报税过程中应咨询专业人士，以确保遵守税法规定，并有效地减少税负。