日本公司注销的费用主要包括以下几部分：

1. 法定费用：注销过程中必须支付的费用，包括但不限于注册费用、年费、印花税等。

2. 律师费用：为了确保注销过程符合相关法律要求，通常需要聘请律师进行咨询和代理。

3. 会计费用：注销公司可能需要会计师进行审计和财务报表的准备，这将产生一定的费用。

4. 其他费用：包括广告费用、交通费用、文件费用等。

注销费用的具体金额因公司的规模、所在地区、注销方式等因素而有所不同。一般来说，注销费用在5万到10万日元之间。此外，如果公司在注销前存在未履行的债务或未解决的问题，还需要解决这些问题，并可能需要支付一定的罚款。

因此，企业在决定注销前应该充分了解公司的状况，并做好相应的准备工作，以尽量降低注销成本。